Фамилия Городницын — редкий случай в русской ономастике, где топонимическая основа соединилась с нестандартным суффиксом. В отличие от массовых Городецких или Городничих, эта фамилия образована не от названия города или должности, а от конкретного прозвища.

Корень здесь — «городница». В древнерусском языке так называли не просто жительницу города, а женщину, которая владела или управляла чем-то в городском хозяйстве. Но скорее всего, прозвище Городница дали мужчине — по месту жительства или работы: «тот, кто живёт у городницы». Городницей в ряде говоров называли городскую стену, крепостное укрепление или даже огороженный участок земли. То есть предок Городницыных мог жить возле крепостной стены, сторожить её или обрабатывать землю за городским валом.

Суффикс «-ын» указывает на принадлежность: Городницын — «сын Городницы». Это патронимическая модель, типичная для северных и центральных русских земель, где фамилии на «-ин» нередко закреплялись за прозвищами, а не только за именами. Любопытно, что фамилия Городницын почти не встречается в южных регионах — она плотно привязана к зоне древнего Новгородского влияния и Верхнего Поволжья.

В современных справочниках фамилия считается редкой. Её носители разбросаны по России, но наибольшая концентрация — в Ярославской и Костромской областях, что косвенно подтверждает версию о северном происхождении. В отличие от фамилии Городничий (от должности городничего), Городницын не имеет отношения к чиновничьей иерархии — это бытовое, «земляное» прозвище, выросшее из повседневной жизни средневекового посада.