Фамилия Городницин — редкий пример, где суффикс работает громче корня. Подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от основ на -а/-я (Петров — от Петра, но Пушкин — от Пушки). Здесь же основа «Городниц» заканчивается на твёрдый согласный, а суффикс всё равно -ин, а не -ов. Такое встречается, если исходное слово или прозвище имело форму женского рода или если фамилия оформлялась по северорусской модели, где -ин мог присоединяться и к мужским прозвищам на -ец, -иц.

Корень, скорее всего, от слова «городец» — уменьшительного от «город». В древнерусском языке городец означал небольшое укреплённое поселение, острог. Прозвище Городец давали человеку, который жил в таком месте или пришёл оттуда. От этого прозвища закономерно возникла фамилия Городецкий, но форма Городницин указывает на иную словообразовательную цепочку: не напрямую от «городец», а через промежуточную форму «городница». Так могли называть жительницу Городца или, что правдоподобнее, женщину, владевшую чем-то, связанным с городом (например, городницей называли часть городской стены или башню, а также крестьянку, обязанной нести городскую повинность).

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа «Городниц» могла быть отчествообразованием от имени Городник или Городничий. Городничим на Руси называли должностное лицо, управляющее городом, — что-то вроде коменданта. Но тогда фамилия звучала бы как Городничихин или Городничев. Суффикс -ицин в данном случае намекает на то, что предок по мужской линии носил прозвище Городница, а не Городник.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям, где названия с корнем «город» были особенно часты в топонимике. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — от названия конкретного села или урочища, а не от распространённого ремесла.