Фамилия Городничин — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя или ремесло, а административная должность. Она образована от прозвища Городничий, которое в XVI–XVII веках давали городовому приказчику — человеку, управлявшему укреплённым поселением. Позже, с петровских реформ, городничим стали называть главу полицейско-административной власти уездного города. То есть предок носителя этой фамилии вполне мог быть начальником целого города, его «градоначальником» в старом понимании слова.

Модель образования проста: к основе Городнич- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Городничин, то есть сын или потомок Городничего. Такая модель типична для русских фамилий, возникших из прозвищ на -ий (ср. Бояринов, Дьяков). Суффикс -ин, а не -ов, здесь закономерен: основа оканчивается на мягкий согласный.

Есть и вторая, более бытовая версия: прозвище могли дать не по должности, а по месту жительства. В диалектах слово «город» означало не только крупное поселение, но и просто огороженное место, «огород». Тогда Городничий — тот, кто живёт в городе, в отличие от сельских жителей. Эта версия правдоподобна для крестьянских фамилий, ведь городничими в прямом смысле были дворяне, а фамилия Городничин встречается и в крестьянской среде.

Документы начала XX века подтверждают: Городничины жили в деревне Попово Кирилловского района Ленинградской области. Кузьма Сергеевич и Николай Федорович, оба 1870 года рождения, — реальные носители фамилии из одной местности. Это указывает на возможный очаг фамилии на севере России, в бывшей Новгородской губернии. Впрочем, окончательно привязывать фамилию только к этому региону нельзя: процесс её формирования мог идти параллельно в разных местах.