Фамилия Горонькина — женская форма фамилии Горонькин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Горонька. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа не очевидна и не лежит на поверхности, как, скажем, в фамилиях от профессий.

Корень здесь — «гор-», который в восточнославянских говорах часто связывают с горем, печалью, тяжёлой долей. Прозвище Горонька могли дать угрюмому, печальному человеку или, наоборот, тому, кто постоянно жаловался на жизнь. Но есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых диалектах «горонька» — это уменьшительное от «горн» (кузнечный горн). Тогда Горонька — это подмастерье кузнеца или сам кузнец, работающий у небольшого горна. Эта версия правдоподобнее, потому что прозвища по ремеслу давали чаще, чем по характеру, и они легче закреплялись в фамилиях.

Суффикс «-ин» в фамилии Горонькин указывает на принадлежность: «чей?» — «Горонькин», то есть сын, потомок Гороньки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где активно использовали притяжательные прилагательные. В южных регионах чаще встречался бы вариант Гороньков.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «о» в первом слоге: она безударная, и в быту фамилию могли произносить как «Гаронькина». Однако историческое написание через «о» сохраняет связь с исходным словом — либо с «горем», либо с «горном». Если бы фамилия произошла от географического названия (например, деревни Гороньки), то ударение, скорее всего, падало бы на второй слог, но в фамилии Горонькина ударение обычно на втором слоге, что типично для прозвищных основ.

Известных носителей этой фамилии в открытых источниках не зафиксировано, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в пределах одного-двух уездов. По сословной принадлежности предки Горонькиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, так как фамилии с суффиксом «-ин» от прозвищ редко встречались у дворянства.