Фамилия Гороюнов — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив глагольную основу. В ней слышится действие: «горе» и «юн» (от «юный»), то есть «горе юному». Так на Руси могли прозвать непутевого, невезучего молодого человека, над которым посмеивались: «Горе тебе, юный!» — или того, кто вечно жаловался на свою горькую долю.

По словообразовательной модели фамилия типична для северных и центральных регионов России. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Гороюнов буквально значит «сын Гороюна». Само прозвище Гороюн образовано от устойчивого выражения «горе юн», где «юн» — краткая форма прилагательного «юный». В говорах встречались и другие варианты: Гореюнов, Гороюн. Ближайшая параллель — фамилия Горемыкин, тоже построенная на глагольной конструкции.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описываются как «прозвищные фамилии», отражающие характер или судьбу человека. Никонов в своих работах по ономастике отмечал, что такие фамилии редко встречаются в дворянской среде — их носителями были в основном крестьяне и посадские люди. Фамилия Гороюнов не попала в списки известных родов, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.

Особенность фамилии в том, что она не потеряла экспрессии: даже спустя века она звучит как короткая история. Если предок получил такое прозвище, он, скорее всего, был человеком заметным в своей общине — либо неудачником, либо тем, кто любил посетовать на жизнь. В любом случае, прозвище закрепилось, и потомки стали Гороюновыми. Сегодня фамилия редкая, её можно встретить в основном в Вологодской и Архангельской областях, где сохранились старые говоры.