Фамилия Горуйко — редкий случай, когда суффикс сразу выдает происхождение носителей. Окончание -ко типично для украинских и белорусских фамилий, особенно для тех, что образованы от личных имён или прозвищ. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу («чей сын»), модель на -ко в украинской традиции означала «маленький» или «сын такого-то». Так, Горуйко — это, скорее всего, «сын Горуя» или «младший Горуй».

Основа фамилии — Горуй — восходит к имени или прозвищу. Здесь возможны два пути. Первый: от канонического имени Георгий в его народных формах. В украинских говорах имя Георгий давало варианты Юрий, Юрко, а также Горий, Гор — оттуда и Горуй. Второй: от прозвища, связанного с глаголом «гореть» или словом «горюй» (от «горевать»). Прозвище Горуй могли дать человеку с мрачным, печальным нравом или, напротив, в качестве охранительного имени — чтобы злые силы думали, что дитё неказистое и горя не принесёт. Такая практика была распространена в народной культуре: чем обиднее прозвище, тем счастливее судьба.

Географически фамилия Горуйко тяготеет к западным областям Украины и югу Беларуси, где суффикс -ко особенно продуктивен. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании: возможно, родоначальник жил в одном селе или хуторе, и фамилия не разошлась широко. В дореволюционных переписях Горуйко могли записать как крестьян или мещан — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Горюнов, Горев, Горунов — показывает, что русская традиция предпочла бы суффикс -ов, а украинская оставила -ко. Если бы предки были из центральной России, мы бы имели Горуева, а не Горуйко. Так что эта фамилия — маркер юго-западного славянского корня, где личное имя или прозвище обросло уменьшительным суффиксом и закрепилось в роду.