Фамилия Господченков — редкий пример двойной русификации украинской или белорусской фамилии. Её основа — прозвище Господин, то есть «повелитель, начальник, владелец». Однако фамилию Господченков, скорее всего, получил не сам господин, а его слуга или крепостной крестьянин из имения, принадлежавшего такому человеку. Впрочем, Господином могли прозвать и гордого, высокомерного человека — прозвища нередко давались по характеру.

Словообразовательная цепочка здесь необычная. Сначала на территории Украины или Белоруссии появилась фамилия Господченко — характерный суффикс -енко указывает на «малого» или потомка: буквально «сын Господина». Со временем, вероятно при переезде рода в Россию, фамилию русифицировали, добавив суффикс -ов. Так Господченко превратился в Господченкова. Такая двойная адаптация встречается нечасто и говорит о том, что фамилия формировалась в несколько этапов, на стыке разных славянских традиций именования.

О точном месте и времени возникновения фамилии судить сложно — процесс был длительным и не всегда фиксировался в документах. Но сама модель характерна для юго-западных земель: Украины, Белоруссии, а также южных областей России, куда переселенцы приносили свои фамилии.