Фамилия Господченков образована от существительного «господин» — «повелитель, начальник, владелец». Однако прямой путь от слова к фамилии неочевиден: прозвище Господин вряд ли давали самому владельцу земли или крепостных. Скорее, его получал слуга или крепостной крестьянин, живший в имении, которое принадлежало барину, — то есть человек «господский», «господченок». Украинский уменьшительный суффикс -енк(о) в основе Господченк- указывает на происхождение рода с территории современной Украины или южных русских земель, где такие суффиксы были типичны для фамилий, означающих «сын» или «потомок»: Господченко — «сын господского человека» или «маленький господин» (в ироничном или бытовом смысле). Позже, при переселении в центральную Россию, фамилия обрусела: к украинской основе добавили великорусский суффикс -ов, что дало современное звучание Господченков.

Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в народной этимологии: прозвище Господин могли дать гордому, высокомерному человеку, который вёл себя как барин. В таком случае фамилия описывала бы черту характера, а не социальное положение предка. Однако ономастические исследования (в частности, работы Б. Унбегауна) показывают, что прозвища, образованные от титулов и социальных статусов, чаще закреплялись за теми, кто находился в подчинённом положении, а не за самими носителями титула.

Словообразовательная модель фамилии — редкая: сочетание украинского патронимического суффикса -енк- с русским -ов. Такая «двойная» русификация характерна для фамилий, которые прошли миграцию с юга на север: Господченко → Господченков. Таким образом, фамилия Господченков хранит память о том, что предки носителя были выходцами с Украины или юга России, а их социальный статус был связан с принадлежностью к господскому двору.