Фамилия Господишина — женская форма фамилии Господишин, и её редкость сразу бросается в глаза. В русском ономастиконе фамилии с корнем «господ-» встречаются, но обычно в виде Господинов, Господских или Господчиковых. Формант -ишин здесь необычен: он указывает на образование от прозвища или имени через притяжательное прилагательное (чей? — Господишин), а не от прямого названия должности или статуса.

Корень «господ-» восходит к древнерусскому «господь» — господин, владыка, хозяин. Однако в основе фамилии могло лежать не прямое значение, а прозвище. В крестьянской среде «Господином» или «Господой» могли назвать человека за важную осанку, строгий нрав или, наоборот, иронично — за бедность, которая не мешала ему держаться с достоинством. Суффикс -ишин указывает на принадлежность: Господишин буквально означает «сын Господиши» или «из семьи Господиши», где Господиша — уменьшительно-пренебрежительная форма от «господин». Такая модель (основа + -иша) характерна для севернорусских и сибирских говоров, где подобные прозвища фиксировались в переписных книгах XVII–XVIII веков.

Написание с двумя «с» (Господишина, а не Господьишина) — результат адаптации корня к литературной норме: в фамилиях редко сохраняют мягкий знак, даже если исходное слово его имело. Встречаются варианты Господьишин, но они маргинальны.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу: в архивных записях XIX века Господишины встречаются среди государственных крестьян Вятской и Пермской губерний. Сословно — это почти всегда крестьянство, что логично: в дворянской среде фамилия с таким корнем была бы социально неудобной. Носители этой фамилии, скорее всего, не имели отношения к помещикам или духовенству, а получили прозвище за характер или внешность.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Господишин стоит особняком. Господинов — типичная «фамилия-титул» (по модели Царев, Князев), а Господишин — редкий вариант, сохранивший живую разговорную форму прозвища. В современных базах данных на всю Россию приходится не более нескольких сотен носителей этой фамилии, что делает её ценной для локальной генеалогии.