Фамилия Готькина — женская форма фамилии Готькин. Сразу бросается в глаза её редкость и нетипичный для восточнославянских фамилий корень. В русском языке нет слова «готька» в общеупотребительной лексике, поэтому объяснение лежит либо в сфере прозвищ, либо в заимствованиях.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным или профессиональным прозвищем. В северных и сибирских говорах «готь» или «готка» могли называть человека, одетого в готическую (немецкую) одежду, либо того, кто перенял западные манеры. В XIX веке в купеческой и мещанской среде так могли иронично прозвать модника, носившего сюртук «под немца». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Готькин — «сын или человек Готьки». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а/-я (ср. Федька — Федькин, Сенька — Сенькин).

Вторая, менее вероятная, гипотеза — от имени собственного. В некоторых районах Беларуси и западных областей России фиксировалось имя Гот (как краткая форма от Готфрид или Готлиб) у лютеран или окатоличенных крестьян. Тогда Готька — уменьшительная форма, а Готькин — «потомок Готьки». Но эта версия слабая: фамилия не встречается на западе, а её география указывает на центральные и северные губернии, где немецких имён у крестьян почти не было.

С точки зрения ономастики, фамилия Готькин стоит в одном ряду с редкими прозвищными фамилиями вроде Немкин, Шведкин, Ляхин. Все они образованы от названий «чужих» народов или их атрибутов, но в бытовом, а не этническом смысле. Фамилия не дворянская, не духовная — скорее всего, крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвище давали за внешний вид или привычку.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным переписей, основные носители сосредоточены в Вологодской и Архангельской областях — это косвенно подтверждает севернорусское диалектное происхождение. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано.