Фамилия Говнецо — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в её основу, сохранило почти неприличное звучание до наших дней. Однако для XIV–XVI веков, когда на Руси закреплялись такие прозвища, слово «говно» не несло той резко бранной окраски, как сегодня. Оно означало просто «нечистоты», «отбросы», «грязь» или «помои». Соответственно, прозвище Говнецо могли дать человеку неопрятному, неряшливому, либо тому, кто по роду занятий имел дело с отходами — золотарю, кожевнику или уборщику скотины.

В словообразовательном плане фамилия уникальна. Суффикс -ец- (в форме Говнецо) встречается в русских фамилиях крайне редко и обычно указывает на уменьшительно-уничижительное значение: «маленькое говно» или «говнишко». В отличие от типичных суффиксов -ов/-ев, -ин, которые означают принадлежность («чей?»), суффикс -ец- оформляет прозвище как самостоятельное слово в среднем роде. Фамилия так и осталась в форме именительного падежа, без патронимического окончания, что характерно для украинских и белорусских фамилий (ср. Паливода, Непийвода), но в русской среде встречается редко. Это может указывать на южнорусское или западнорусское происхождение рода.

В исторических документах фамилия почти не встречается, что объяснимо: уже в XVIII–XIX веках, с изменением языковых норм, носители такого прозвища стремились его сменить или «облагородить». В ревизских сказках и метрических книгах Говнецо могло трансформироваться в Говнецов, Говенцов, а то и вовсе в Говоров или Говорков — под влиянием схожего звучания. Поэтому современные носители фамилии Говнецо — это, скорее всего, потомки людей, сохранивших исходную форму прозвища вопреки давлению общества, либо переселенцы из тех регионов, где такая форма была более терпима.

Аналогов по словообразовательной модели в русском ономастиконе почти нет. Можно вспомнить фамилию Дерьмо (также от нечистот), но она ещё реже. Фамилия Говнецо стоит особняком: она не перешла в разряд «неприличных» фамилий типа Цыпкин или Блохин, а осталась прямым, незакамуфлированным прозвищем. Это делает её ценным свидетельством того, как в допетровской Руси относились к прозвищам — их давали без стеснения, по внешнему признаку или занятию, и они закреплялись на века.