Фамилия Говноеды — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение лежит не в бытовом оскорблении, а в суровой профессиональной необходимости. Это не прозвище за нечистоплотность, а память о ремесле, которое в старину называли «говноедством». Речь идёт о кожевенном деле: мастера, обрабатывающие кожи, использовали для размягчения сырья раствор из птичьего помёта (чаще всего собачьего или голубиного). Рабочие, которые месили этот зловонный состав ногами или вымачивали в нём шкуры, получали в народе меткое прозвище «говноед» — по запаху, а не по вкусу. Фамилия образована по модели множественного числа (Говноеды), характерной для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, указывающих на род занятий целой семьи или артели: Кузнецы, Колесники, Бортники.

Суффикс -ы в окончании — не типичный для великорусских фамилий (там чаще -ов/-ев), что сразу выдаёт южное или западнорусское происхождение. Встретить носителей фамилии Говноеды можно почти исключительно в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях Российской империи, а также среди переселенцев на Кубань. Словарь Б. Унбегана упоминает подобные «ремесленные» фамилии, но Говноеды — один из самых ярких примеров того, как неприглядное на слух слово оказывается документальным свидетельством тяжёлого труда.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем человека, который собирал навоз для удобрения полей или топлива (кизяка). В малолесных южных степях кизяк был основным топливом, и его заготовка считалась делом грязным, но почётным. Однако первая гипотеза — кожевенная — подтверждается тем, что в тех же регионах существовали фамилии Говнокож, Говнодуб и Говномой, прямо указывающие на дубление кож. Говноеды — не исключение, а часть исчезнувшего профессионального словаря.

Не стоит искать в этой фамилии иронии или насмешки: предки современных Говноедов были не едоками нечистот, а квалифицированными мастерами, без чьего труда невозможно было сшить сапоги или сделать конскую сбрую. Фамилия сохранила не прозвище, а название работы, от которой воротили нос даже в те времена.