Фамилия Говноедкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило свою прямую, почти бранную форму. Вопреки интуиции, это не искусственное или шуточное образование XX века, а вполне реальная русская фамилия, зафиксированная в исторических документах. Её основа — прозвище Говноед. В крестьянской и посадской среде такие прозвища не несли буквального оскорбления: «говноедом» могли назвать человека, занятого чисткой выгребных ям или работающего с навозом (например, в кожевенном или красильном деле, где использовали отходы жизнедеятельности). Это ремесленное прозвище, а не характеристика личности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Говноедкин — сын Говноеда, то есть «чей?» — Говноедов. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин преобладали над -ов. Сравните с однокоренными, но более «приличными» фамилиями: Говядин, Говядинов (от «говядо» — крупный рогатый скот), а также с фамилией Говнов (от той же основы, но с другим суффиксом). Все они восходят к древнерусскому слову «говно» (в значении «отходы», «нечистоты») и связаны с грязными, но необходимыми промыслами.

С точки зрения сословной принадлежности, Говноедкины — почти наверняка бывшие крепостные крестьяне или посадские люди. Ни дворянские гербовники, ни родословные книги эту фамилию не знают. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Русском Севере — там, где сохранилась архаичная система прозвищ и где фамилии часто закреплялись в письменных источниках поздно, уже в XIX веке. Споров о происхождении корня нет: он очевиден и однозначен. Другие версии (например, от тюркского или финно-угорского слова) несостоятельны, потому что русская словообразовательная модель и семантика здесь прозрачны.

В современных справочниках фамилия Говноедкин нередко фигурирует как пример «неблагозвучной», но с точки зрения ономастики она ничем не хуже фамилий Грязнов, Дерюгин или Навозов. Она честно отражает занятие предка, а не его личные качества. Для носителя фамилии это повод не смущаться, а гордиться документальной связью с вполне конкретным ремеслом — пусть и не самым чистым, но необходимым в доиндустриальной деревне.