Фамилия Говновищенко — редкий случай, когда основа прозвища лежит на поверхности, но её прямое, «навозное» значение почти наверняка вторично. Словообразовательная модель указывает на украинское или южнорусское происхождение: суффикс -енко (встречающийся в варианте -щенко) типичен для фамилий-патронимов, то есть «сын такого-то». В данном случае — сын человека по прозвищу Говновищ, что и даёт нам ключ к разгадке.

Первое, что приходит в голову — связь с диалектным словом «говно» в значении «грязь, нечистоты». Однако в ономастике такие прозвища редко давали за неопрятность. Гораздо логичнее предположить, что в основе лежит переносное значение. В русских говорах, особенно на юге, «говном» могли называть нечто никудышное, плохое, а также — человека, который «лезет не в своё дело» или делает работу кое-как. Прозвище Говновищ, скорее всего, было ироничным или охранительным: так могли прозвать упрямого, неуживчивого человека, либо, наоборот, дать «некрасивое» имя, чтобы отвести от ребёнка сглаз.

Суффикс -ищ- в основе «Говновищ» указывает на увеличительность или пренебрежительность: Говновищ — это «большой говно» или «тот, кто связан с этим». В украинской традиции фамилии на -енко часто образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -ище, -ищ. Например, фамилии Ковалищенко (от Ковалище) или Палищенко (от Палище) — вполне обычны. Так что Говновищенко — не исключение, а часть продуктивной модели.

Географически фамилия тяготеет к Украине и приграничным областям России (Курская, Белгородская, Воронежская). Встречается она крайне редко, что объяснимо: прозвище было слишком экспрессивным, и носители при первой возможности могли сменить его на более благозвучное. В дореволюционных переписях и метрических книгах такие фамилии фиксировались, но часто в искажённом виде: Гавновищенко, Говнащенко, где корень маскировался под более привычные «гавно» (от «гавкать») или «говеть».

Таким образом, носитель фамилии Говновищенко — потомок человека, которого в своей среде прозвали Говновищ. Не стоит искать в этом буквальную характеристику: скорее всего, прозвище было насмешливым или защитным, а фамилия закрепилась в крестьянской среде Левобережной Украины или Черноземья.