Фамилия Говнющенко — яркий пример того, как народная языковая смелость закрепилась в официальном родовом имени. В её основе лежит нецензурное, но очень древнее и экспрессивное слово «говно», которое в славянских диалектах означало не только физиологические отходы, но и грязь, сор, нечистоты в широком смысле. Прозвище Говнюк, Говняк или Говнюха давали человеку не обязательно с целью оскорбления: в крестьянской среде так могли назвать неряшливого хозяина, пачкулю, либо, с иронией, ребёнка, который часто пачкал пелёнки. В некоторых говорах слово имело и переносное значение — «скверный, дрянной человек», но это уже оценка характера, а не внешности.

Модель образования фамилии — типично украинская, с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот патронимический суффикс означает «сын кого-то» или «потомок», то есть Говнющенко буквально — «сын Говнюка». Ударение в фамилии падает на второй слог: Говню́щенко, что характерно для восточноукраинских говоров. Форма на -енко указывает на то, что фамилия сформировалась не в центральных или западных регионах Украины, где чаще использовались суффиксы -ук, -юк, -ак, а скорее в левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) или на юге России, куда переселялись украинцы.

Интересно, что в официальных документах XIX века фамилия могла записываться в смягчённом виде — Говнющенко, хотя в быту прозвище звучало грубее. Церковь и чиновники при переписях нередко «причесывали» неблагозвучные фамилии, но здесь этого не произошло, что говорит о том, что носители не стеснялись своего прозвища и не пытались его сменить. В отличие от фамилий типа Говнов или Говнарев, которые звучат ещё резче, вариант на -енко получил распространение именно как патроним, а не как прямое прозвище.

В современной России фамилия редкая, встречается в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также на Кубани — то есть в зонах исторического расселения украинцев. В украинском реестре фамилий она также фиксируется, но не входит в число распространённых. Никакого отношения к дворянству или духовенству фамилия не имеет — это однозначно крестьянская или казачья среда, где прозвища давали по внешним признакам или поведению, не заботясь о благозвучии.