Фамилия Грудакова — женская форма от Грудаков, и ключ к её происхождению лежит в прозвище Грудак. Основа здесь — слово «груда», которое в русских говорах имело не только прямое значение «куча, насыпь», но и переносное: так могли назвать человека плотного, коренастого, сбитого, «грудного» сложения. Суффикс -ак типичен для прозвищ, характеризующих внешность или нрав: Гуляк, Добряк, Крепыш — в том же ряду и Грудак.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с диалектным «груда» в значении «возвышенность, холм». Тогда Грудаком могли прозвать того, кто жил на бугре, на взгорке. Однако в ономастике первая трактовка — через внешность — встречается чаще и логичнее: прозвища по физическим приметам давали повсеместно, а привязка к рельефу сильнее зависела от местности.

Словообразовательная модель проста: прозвище Грудак + типичный русский патронимический суффикс -ов, который в женском роде даёт окончание -а. Фамилия не дворянская и не искусственная — она из числа тех, что складывались в крестьянской и мещанской среде в XVI–XVII веках. В документах фамилия встречается спорадически, в основном в центральных и южнорусских областях, где слово «груда» было в ходу.

Любопытно, что фамилия Грудаков (и Грудакова) не имеет однозначной «профессиональной» версии: в отличие от Кузнецова или Плотникова, здесь нет указания на ремесло. Это чистый антропоним от прозвища — и в этом её характерная черта: предок нынешних носителей был, скорее всего, просто человеком плотного телосложения, которого так и окрестили в своей среде.