Фамилия Грушкины — типичный пример «растительной» фамилии, где в основе лежит не дерево, а его плод. В русской традиции мирское имя Грушка давали ребенку с пожеланием здоровья и связи с природой: считалось, что имя плодового дерева передаст малышу силу и плодовитость. Вторая, более прозаичная версия, отталкивается от прозвища — Грушкой могли назвать садовода, торговавшего грушами или варившего из них варенье. Менее популярна, но тоже возможна гипотеза о связи с крестильным именем Агриппа (от латинского «горестный»), которое в народной речи могло сократиться до формы Грушка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Грушкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Грушка. Такая модель образования — одна из самых распространенных в русской антропонимии, наряду с фамилиями на -ов/-ев. Стоит отметить, что в отличие от фамилий от названий других фруктов (например, Яблочкин), Грушкин встречается реже, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических исследований. Точное место возникновения фамилии не установлено, но, как и большинство крестьянских фамилий центральной России, она могла закрепиться в XVI–XVII веках, когда мирские имена окончательно уступили место фамилиям.