Фамилия Губанчикова — женская форма, а её мужской вариант, Губанчиков, образован по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Это значит, что в основе лежало прозвище или имя Губанчик. Чтобы понять, что оно означало, нужно разобрать цепочку: Губанчик — это уменьшительное от прозвища Губан. В русских говорах «губаном» называли человека с большими, толстыми или выдающимися губами. Прозвища по внешним признакам — один из самых древних и распространённых типов: Рыжий, Кривой, Губастый. Губан — то же самое, что «губач» или «губан», то есть тот, у кого губы заметно выделялись.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «губан» могло означать не часть лица, а рыбу — лобана или кефаль, которую в южных областях называли «губаном» из-за строения рта. Тогда прозвище мог получить рыбак или торговец рыбой. Но это предположение слабее: прозвища по рыбам в русской антропонимии встречаются (Карась, Ёрш, Судак), но обычно они прямо указывают на род занятий или характер, а не на сходство с рыбой. Версия с внешностью правдоподобнее, потому что прозвища по частям тела давали чаще и охотнее.

Суффикс -чик в форме Губанчик — уменьшительно-ласкательный. Он мог означать, что носителя прозвища так звали в детстве или в кругу семьи, либо что он был младшим или меньшим по сравнению с другим Губаном. В русских фамилиях такие цепочки встречаются: от прозвища Губан образовали Губанчик, а от него — фамилию Губанчиков. По сути, это «сын Губанчика».

Фамилия не принадлежит к числу распространённых. Она скорее южнорусского или центрального происхождения, где говоры активнее использовали слово «губан» в значении «губастый». Встречается она в основном в документах XIX–XX веков в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях и на Дону. Сословно носители фамилии были, скорее всего, крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными, то Губанчиков стоит в одном ряду с Губановым, Губаревым, Губастым, Губкиным. Все они образованы от прозвищ, связанных со словом «губа», но каждый со своим оттенком: Губарев — от «губарь» (кто много целуется или болтает), Губкин — от «губка» (маленькие губы), а Губанчиков — от уменьшительного «Губанчик». Это делает фамилию более «домашней» по звучанию, словно она родилась не из официального прозвища, а из семейного, внутридеревенского обращения.