Фамилия Губарец образована по одной из распространённых восточнославянских моделей: от прозвища Губарь с помощью суффикса -ец. Этот суффикс в фамилиях часто указывал на принадлежность к определённой местности или на то, что предок был «сыном» или «человеком» такого-то лица. В случае с Губарец суффикс добавляет значение «сын Губаря» или «потомок Губаря».

Само прозвище Губарь на Руси давали по двум основным причинам. Первая — внешняя: так могли назвать толстогубого человека. Вторая черта — характер: обидчивого, склонного «дуть губы», то есть хмуриться или капризничать. Таким образом, фамилия могла закрепиться и за человеком с приметной внешностью, и за тем, кто отличался обидчивым нравом.

Основа «губ» в русских прозвищах и фамилиях встречается с древних времён. Документы XV–XVII веков сохранили упоминания однокоренных фамилий: Иван Губанов, крестьянин (1495 г., Новгород), Губанов Иван, гость (в 1555 г. сведённый на житьё в Казань), Губанов Иван, крестьянин (1627 г.). Эти записи показывают, что фамилии с этим корнем бытовали в разных слоях общества — от крестьян до купцов («гостей»).

Фамилия Губарец встречается преимущественно в украинских и южнорусских землях. В украинском языке суффикс -ец более продуктивен, чем в великорусском, что делает эту фамилию характерной для выходцев с территории современной Украины или прилегающих областей России.