Фамилия Гудяков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Гудяка. В основе лежит прозвище Гудяк, которое, скорее всего, связано с глаголом «гудеть». В русских говорах «гудяк» — это не только тот, кто издаёт гудящие звуки, но и человек, который тянет слова, говорит монотонно или нудно. В некоторых диалектах «гудяком» называли волынщика или музыканта, играющего на гудке — старинном смычковом инструменте. Поэтому предок носителя фамилии мог быть либо музыкантом, либо просто обладателем тягучего, низкого голоса.

Менее распространённая, но возможная версия выводит прозвище из диалектного слова «гудь» — ссора, шум, перебранка. В таком случае Гудяком могли прозвать сварливого, шумного человека. Подобные прозвища, образованные от звукоподражательных корней, нередко давались по поведению или манере общения.

Фамилия Гудяков встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. Там же фиксируются однокоренные фамилии — Гудков, Гудин, Гудов. Отличие Гудякова в том, что суффикс -як (как в Бобряк, Медведяк) придаёт прозвищу оттенок характерности: Гудяк — не просто «гудящий», а тот, кто этим качеством выделяется. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи крестьян и посадских людей с таким прозванием, что говорит о простонародном происхождении фамилии.

Стоит обратить внимание на ударение. В большинстве случаев фамилия произносится с ударением на второй слог — Гудяко́в, что характерно для отчеств от прозвищ на -як. В редких региональных вариантах ударение может падать на первый слог, но это скорее исключение, а не норма.