Фамилия Гугнецова — женская форма от Гугнецов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. С первого взгляда бросается в глаза суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «сын Гугнеца» или «из семьи Гугнеца». Значит, в основе лежит прозвище или неканоническое имя Гугнец.

Сам корень — «гугн-» — редкий и неочевидный. В русских говорах есть глагол «гугнить» — говорить в нос, гнусавить. Человек с такой речевой особенностью мог получить прозвище Гугня, а уменьшительно-пренебрежительная форма — Гугнец. Это объяснение лежит на поверхности и подкрепляется словообразовательной моделью: от прозвищ на -я (Гугня) суффикс -ец даёт фамильную основу, как, например, Косец от Косой или Глупец от Глупый. Версия с гнусавостью — самая правдоподобная и не требует сложных допущений.

Менее вероятно, но стоит упомянуть: в некоторых диалектах «гугня» могло означать не только гнусавого, но и ворчуна, брюзгу. То есть прозвище могло относиться к характеру, а не к физическому недостатку. Третья версия — связь с редким личным именем Гугон (западноевропейское Гуго в русской передаче), но тогда фамилия скорее выглядела бы как Гугонов, а не Гугнецов. Переход «Гугон → Гугонец → Гугнецов» возможен, но искусственен: суффикс -ец в таком случае означал бы «выходец от Гугона» или «маленький Гугон», что для русской ономастики нетипично.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — там, где диалектная форма «гугнить» была распространена. В северных говорах её почти не знали. Встречаемость фамилии невысокая, что тоже говорит в пользу прозвищного происхождения от местного словечка: массовыми такие фамилии не становились.

Если ваш предок носил фамилию Гугнецов, он с большой вероятностью происходил из крестьянской или мещанской среды. Прозвище Гугнец, скорее всего, закрепилось за человеком, который заметно гнусавил или, реже, имел ворчливый нрав. Фамилия не дворянская и не искусственная (семинарская), а чисто бытовая, из народной речи.