Фамилия Гугулан — редкая, её происхождение неочевидно, но вполне объяснимо, если отбросить версию с тюркским «голубем» (который по-татарски — «гогерчен» или «кюгерчен») и присмотреться к кавказским и южнорусским говорам. Скорее всего, в основе лежит прозвище Гугулан, образованное от звукоподражательного глагола «гугукать» — издавать глухие, нечленораздельные звуки, ворковать или аукать. В некоторых диалектах так могли назвать неразговорчивого, задумчивого человека или, наоборот, того, кто любит перекликаться в лесу, подавать голос. Суффикс -ан (через -лан) в русских прозвищах — обычный экспрессивный формант: вспомните «крикун», «ворчун», «болтун» — здесь та же модель.

Фамилия оформлена без типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин. Скорее всего, она застыла в форме прозвища — так часто случалось с украинскими, молдавскими или кубанскими фамилиями. Учитывая, что «гугул» или «гугула» в молдавском и румынском языках — «кукушка» (ср. cucul), а в болгарских диалектах «гугула» — шишка, нарост или комок, можно предположить и южнославянский след. Тогда прозвище Гугулан могло принадлежать человеку с заметной внешней особенностью (родинка, горбинка) либо тому, кто «куковал» — был одинок или предсказывал, как кукушка.

Географически фамилия почти не встречается в центральной России, но единичные носители есть на юге — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди греков Приазовья, где фамилии нередко имеют тюркскую или понтийскую основу. В греческом варианте «гугула» (γκούγκουλα) — капюшон, клобук, так что прозвище могло относиться к монаху или человеку, носившему остроконечный головной убор.

Словообразовательная модель без патронимического суффикса указывает на то, что фамилия не из московского боярского круга, а из казачьей или крестьянской среды, где прозвища переходили в фамилии напрямую. Сравните с однокоренными Гугуев, Гугунин — они встречаются чаще, а Гугулан остался в почти нетронутом виде. Споров о происхождении здесь немного: самая правдоподобная версия — прозвище от «гугукать» или «кукушка», а тюркские параллели (например, «гюгюм» — кувшин) слишком далеки по звучанию и смыслу.