Фамилия Гулишкин — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Её основу, скорее всего, составляет прозвище или имя, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гулишкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гулишка.

Что такое «Гулишка»? Это уменьшительная форма от прозвища Гуля или Гулька. В русских говорах слово «гуля» имело два основных значения. Первое — «голубь» (ср. звукоподражательное «гуль-гуль»). Второе, более распространённое в прозвищах, — «бездельник», «гуляка», «гулена» (от глагола «гулять» в значении «праздно проводить время»). Таким образом, Гулишкой могли назвать либо человека, похожего на голубя (кроткого, воркующего, или, наоборот, любителя голубей), либо того, кто не любил сидеть на месте и предпочитал праздность.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Гуля → Гулька → Гулишка (с суффиксом субъективной оценки -ишк-) → Гулишкин. Суффикс -ишк- в русских прозвищах и неофициальных именах часто придавал оттенок уменьшительности или пренебрежения, что косвенно подтверждает вторую версию: прозвище могли дать молодому гуляке или несерьёзному человеку.

Версия о происхождении от крестильного имени маловероятна. В святцах нет имени Гулий или Гулишка. Если бы фамилия была от полного канонического имени, она звучала бы иначе (например, Гулиев — от тюркского имени Гули, что значит «цветок», но это другая традиция). Фамилия Гулишкин — исконно русская, образованная от прозвища, и её география, скорее всего, связана с центральными или северными регионами России, где суффикс -ишк- в прозвищах был более употребителен.

Встречается вариант написания «Гулишкин» с буквой «и» после «ш» — это нормативная орфография, закрепившаяся при паспортизации. Важно не путать её с фамилией Гулышкин (от «гулышка» — ком, шишка), где другой корень.