Фамилия Гундикова — женская форма от Гундиков, а разбирать её удобнее с мужского варианта. В центре внимания здесь не столько корень, сколько редкость суффиксальной модели. Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ов, который в русской ономастике присоединяли к основам, оканчивающимся на твёрдый согласный. Но исходная основа — не имя и не профессия, а прозвище или мирское имя Гундик.

Сам Гундик — это уменьшительно-ласкательная форма от прозвища Гундя. В русских говорах «гундеть» означало говорить невнятно, бормотать, ныть или жаловаться. Соответственно, Гундей называли человека с неразборчивой речью, ворчуна или того, кто постоянно недоволен. Суффикс -ик в прозвище смягчал исходную характеристику: Гундик — это уже не столько «гундя», сколько «маленький гундя» или «сын Гунди», что типично для русских неканонических имён. Так, от Гундика через притяжательное прилагательное «Гундиков сын» и закрепилась фамилия.

С географической точки зрения, фамилия Гундиков (и Гундикова) тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в архангельских, вятских и пермских документах, что косвенно указывает на возможное происхождение из среды черносошных крестьян или посадских людей. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, что подтверждает её крестьянские или мещанские корни. Исследователь русских фамилий Б. Унбегаун относил подобные образования к типичным «говорящим» прозвищам, перешедшим в фамилии без изменения смысла.

Стоит отметить, что фамилия Гундикова не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, несмотря на созвучие с некоторыми топонимами. Это чисто славянская модель, построенная на диалектном глаголе. Родственные фамилии — Гундоров, Гундарев, Гундобин — отличаются суффиксами, но восходят к той же основе «гунд-». Написание с буквой «о» на конце (Гундикова) — стандартное для женского рода, и никаких вариаций вроде Гундикевич или Гундицкий в исторических источниках не прослеживается.