Фамилия Гурбенко образована по распространённой в украинской ономастике модели: к основе прозвища Гурба добавили суффикс -енко. Этот суффикс изначально означал «маленький», «сын» или «потомок», поэтому Гурбенко — буквально «сын Гурбы» или «потомок Гурбы». Со временем фамилия закрепилась как наследственная, и сегодня её можно встретить в восточных и центральных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в других регионах.

В основе фамилии лежит прозвище Гурба. Украинское слово «гурба» означает «толпа» или «большое скопление животных одного вида». Скорее всего, прозвище дали человеку, который постоянно находился в окружении множества людей — например, руководил артелью, был старостой или просто обладал шумным, общительным нравом. Однако не исключено и профессиональное значение: скотовод, владелец большого стада. В украинских говорах слово «гурба» могло относиться и к отаре овец, и к табуну лошадей, поэтому прозвище могло закрепиться за хозяином или пастухом, который вёл за собой стадо.

Прозвище Гурба со временем вытеснило исходное крестильное имя, став основным именованием человека. Такой переход — от прозвища к фамилии — типичен для украинской традиции XVII–XIX веков, когда наследственные фамилии только формировались у крестьян и казаков. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -енко долгое время сохраняли связь с отчеством: Гурбенко — это «чей?» — «Гурбин сын». Лишь позже, в XIX веке, такие именования окончательно закрепились как фамилии, которые передаются по наследству.

Слово «гурба» родственно литовскому gurbas (корзина, плетёный кузов) и, вероятно, восходит к древнему корню, связанному с плетением или скручиванием. В переносном смысле «гурба» могла означать «сбившиеся в кучу люди» — как прутья в корзине. Эта этимология не противоречит украинскому значению «толпа» и добавляет фамилии ещё один смысловой оттенок.

Встречаются и другие фамилии с тем же корнем: Гурба, Гурбин, Гурбанов, Гурбанский, а также Гурбеня, Гурбей. Все они образованы от одного прозвища, но с разными суффиксами. Гурбенко — одна из самых распространённых форм, поскольку суффикс -енко в украинской антропонимии был самым продуктивным на протяжении нескольких столетий.