Фамилия Гущенков образована по продуктивной восточнославянской модели с суффиксом -ов, который в русском языке закрепился за фамилиями на твёрдый согласный. Основа — Гущенк(о) — представляет собой украинскую или белорусскую уменьшительную форму с суффиксом -енк(о). Такие фамилии в русском языке при переносе «обрусевали»: к исходной основе на -о добавляли русский патронимический суффикс -ов, получая двойное оформление. То есть Гущенков — это буквально «сын Гущенка», а сам Гущенко — «маленький Гуща».

Корень гущ- восходит к древнерусскому прозвищу Гуща. В старину гущей называли осадок, отстой, густую часть жидкости, а также самогонную барду. Прозвище могли дать человеку с плотным телосложением, медлительному или, напротив, тому, кто занимался варкой пива, кваса, самогоноварением. В словаре древнерусских личных имён С. Б. Веселовского встречается фамилия Гуща, а в документах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские с таким прозвищем. Вторая возможная версия — связь с диалектным словом «гуща» в значении «чаща, лесная чащоба», тогда прозвище могло указывать на жителя глухого лесистого места.

Основная масса носителей фамилии Гущенков сосредоточена в западных и центральных регионах России, особенно в Брянской, Смоленской и Калужской областях, что подтверждает её украинско-белорусские корни. Встречается также вариант Гущенко без русского суффикса — он типичен для юга России и Украины. Интересно, что в некоторых говорах «гущенка» — это ещё и разновидность каши или похлёбки, что добавляет бытовой оттенок возможному прозвищу.

Сословно фамилия Гущенков, скорее всего, крестьянская или мещанская. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она фигурирует в записях о крестьянах и однодворцах. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от календарных имён.