Фамилия Гусинина — женская форма, а её мужской вариант — Гусинин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Гусь, которое в старину было довольно распространено. В словаре древнерусских личных имён можно найти прямое упоминание: Гусь — человек, носивший такое прозвище. От него через стандартную модель «чей?» — Гусин, а затем с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность, образовалась фамилия. Форма Гусинин, с удвоением корневого «с», — вариант, возникший либо под влиянием диалектного произношения (гусь — гусиный), либо как результат позднейшего уточнения на письме.

Прозвище Гусь могли дать по разным причинам. Чаще всего — за внешность: человек с длинной шеей, худощавый или с характерной походкой вразвалку. Реже — за голос, громкий или гнусавый, напоминающий гусиный. Ещё одна возможная основа — поведение: так могли назвать задиристого, драчливого человека, ведь гуси славятся своим напором. В некоторых говорах слово «гусь» имело переносное значение — «плут» или «пройдоха», что тоже могло стать источником прозвища.

Модель образования фамилии — типичная для северных и центральных регионов России, где суффикс -ин был основным способом создания фамилий от слов женского рода или от названий животных. Фамилия Гусинин, таким образом, относится к группе «птичьих» фамилий, куда входят Гусев, Уткин, Лебедев, Воробьёв. Отличие Гусинина от более частого Гусева — в суффиксе: Гусев образован от имени Гусь через притяжательное прилагательное (чей? — Гусев), а Гусинин — от той же основы, но с добавлением -ин, что встречается реже и может указывать на более позднее оформление фамилии в конкретной местности.

Встречаемость фамилии невысокая. В основном она фиксируется в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, где традиционно были сильны архаичные модели словообразования. Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не отмечено — это фамилия простого человека, получившего её по уличному прозвищу.