Фамилия Гусынин — редкий случай, когда за основу взяли не отчество, а женское прозвище. Обычно родовая фамилия образовывалась от имени отца, но здесь в корне лежит слово «гусыня», то есть самка гуся. Так могли прозвать женщину за внешность или манеры: например, за переваливающуюся походку, длинную шею или привычку громко разговаривать.

«Птичьи» фамилии в русском языке многочисленны, но Гусынин выделяется тем, что в его основе не мужское, а именно женское прозвище. Если Петухов или Журавлёв — фамилии от мужских прозвищ, то здесь родоначальницей стала женщина по прозвищу Гусыня. Такие фамилии встречаются реже, и их появление обычно означает, что женщина была главой семьи или что прозвище закрепилось за ней настолько прочно, что перешло к детям.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гусынин, то есть сын или потомок Гусыни. Эта модель типична для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян с прозвищем Гусыня в новгородских и псковских землях, где было развито птицеводство.

В XX веке фамилия получила неожиданную известность в медицине: существует «операция Гусынина» — метод лечения урологических заболеваний, разработанный профессором-хирургом. Так крестьянское прозвище, данное за сходство с домашней птицей, оказалось связанным с серьёзной научной методикой.