Фамилия Гусынина — редкий случай в русской ономастике, когда за основу взято не отчество, а женское прозвище. Традиционно фамилии образовывали от имени или прозвища отца как главы семьи, но здесь исходным словом стало нарицательное «гусыня», то есть самка гуся. Женщину могли прозвать Гусыней за внешнее сходство с птицей — скажем, за длинную шею или переваливающуюся походку. Однако не стоит исключать и чисто бытовой контекст: прозвище могло закрепиться за хозяйкой, державшей гусей, или за человеком с соответствующим характером.

«Птичьи» фамилии вроде Петухова, Журавлёва или Ужова на Руси встречались часто — птицы были неотъемлемой частью крестьянского быта, охоты и народных верований. Но фамилия Гусынина выделяется суффиксом -ин, который в данном случае указывает на принадлежность конкретной женщине: «чей?» — «Гусынин», то есть потомок той самой Гусыни. Модель образования здесь та же, что и у фамилий Марьин, Татьянин или Дарьин, только в основе лежит не имя, а прозвище.

Фамилия не получила широкого распространения и осталась в разряде немногочисленных. Однако известность ей принёс конкретный носитель: в истории медицины осталась «операция Гусынина» — методика лечения урологических заболеваний, разработанная профессором с этой фамилией. Таким образом, за бытовым прозвищем, возникшим из наблюдений за внешностью или поведением, стоит и профессиональное достижение XX века.