Фамилия Гусынины — редкий случай, когда основой для родового имени послужило не отчество, а прозвище женщины. В русской традиции фамилии на -ин чаще образовывали от имен и прозвищ отца, но здесь исключение: в основе лежит слово «гусыня». Так на Руси могли называть женщину, внешне или повадками напоминавшую эту домашнюю птицу — с длинной шеей, плавной или переваливающейся походкой. «Птичьи» прозвища были в ходу: драчуна звали Петухом, долговязого — Журавлём, а Гусыня закреплялось за конкретной женщиной-родоначальницей.

Фамилия строится по простой модели: прозвище Гусыня плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Гусыни» или «из семьи Гусыни». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые обычно указывали на отца, суффикс -ин в этом случае подчёркивает, что родовое имя пошло от женщины. Это отличает Гусыниных от, скажем, Гусевых: Гусев образован от мужского прозвища Гусь, а Гусынин — от женского.

В истории фамилия оставила след в медицине. Известна «операция Гусынина» — методика лечения урологических заболеваний, разработанная профессором-носителем этой фамилии. Конкретное время и место возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён шёл несколько столетий, и Гусынины могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Но именно «женский» корень делает эту фамилию необычным памятником русской антропонимии, где за основу брали не только отца-родоначальника, но и мать.