Фамилия Игнаков — редкий случай, когда при разборе нужно смотреть не только на корень, но и на то, какую работу делает суффикс. На первый взгляд, перед нами типичная отчество от крестильного имени Игнатий (в просторечии Игнат). Однако суффикс -ов в сочетании с основой на -к выдаёт необычную модель образования.

Большинство фамилий на -ов образуются от полных форм имён или прозвищ: Иванов, Петров, Кузнецов. Но Игнаков построено не от имени Игнат, а от его уменьшительной формы Игнак. В русской ономастике суффикс -ак (-як) часто придавал слову оттенок пренебрежения или, наоборот, ласки, а также указывал на человека по характерному признаку (Рыжак, Гуляка). Здесь же он просто сжимает имя до обиходного варианта: Игнак — «маленький Игнат» или «сын Игната». Такой способ словообразования встречается у фамилий вроде Третьяков (от Третьяк — третий ребёнок) или Шестаков (от Шестак — шестой), где основа уже сама по себе была прозвищем или именованием.

Географически фамилия Игнаков довольно редкая. Её можно встретить в старых переписях центральных губерний России, особенно в Рязанской и Тамбовской областях, а также у казаков на Дону. Это объяснимо: имя Игнатий было популярно в крестьянской и мещанской среде, а суффикс -ак характерен для южнорусских и украинских говоров. Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком — крестьянином или ремесленником, которого в быту звали не полным именем, а сокращённым Игнак. Его дети и стали Игнаковыми.

Важно не путать Игнакова с более распространённой фамилией Игнатов. Разница в одной букве, но она меняет историю: Игнатов — прямое отчество от Игнат, а Игнаков — от производной, уменьшительной формы. В старых документах встречаются варианты написания через «о» и через «а» (Игнаков и Игнаковъ), но это лишь особенности дореволюционной орфографии. Единого написания не было, и фамилия могла закрепиться в том виде, в каком её записал писарь.