Фамилия Илько образована от крестильного имени Илья — русской формы библейского имени Элияху. Последнее переводится с древнееврейского как «мой Бог — Господь», то есть «мой Бог — Бог истинный». Это одна из немногих фамилий, где суффикс -ко присоединился прямо к основе имени, минуя промежуточные формы вроде Ильин. Такая модель типична для украинской и белорусской ономастики: в этих землях -ко служил уменьшительным или обиходным суффиксом, превращая Илью в Илько — домашнее, бытовое имя. Позже это прозвание закрепилось как наследственная фамилия.

В отличие от фамилий на -ин (Ильин) или -ов (Ильев), которые указывали на принадлежность отцу («сын Ильи»), Илько не содержит притяжательного суффикса. Это прямое прозвище, которое могло закрепиться за самим человеком — например, за младшим членом семьи или за тем, кого в селе звали ласково, по-свойски. Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: чаще всего встречается в исторических регионах Волыни, Подолья и Галиции.

Редкость фамилии в том, что она сохранила исходный суффикс без наращивания дополнительных формантов. Сравните с однокоренными Илькевич или Ильченко — там -ко уже часть более сложной модели, а здесь он стоит в чистом виде. Это позволяет предполагать, что предки носителей фамилии жили в местах, где простая форма имени долго держалась в быту и не вытеснялась церковными или официальными вариантами.