Фамилия Ильякис звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её происхождение нужно искать не в славянских землях, а на стыке греческой и еврейской ономастических традиций. В основе фамилии лежит мужское имя Илья — русская форма библейского имени Илия (Элияху). Однако решающую роль играет суффикс -ис, который в данном случае указывает на греческое или, что вероятнее, на караимское либо еврейское происхождение.

В греческом языке суффикс -ис (-ης) образует фамилии от личных имён и прозвищ, часто обозначая принадлежность к роду или месту. Но для фамилии Ильякис более правдоподобна версия о её появлении в среде крымских караимов или греков-ромеев, живших на юге Российской империи. В этой среде фамилии на -ис (например, Кефелис, Майкапар) были распространены. Ильякис, таким образом, могла означать «сын Ильи» или «принадлежащий Илье», причём основа «Ильяк» — это уменьшительно-ласкательная или разговорная форма от Илья, характерная для украинского или южнорусского говора (ср. Ильяк, Илька).

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с литовским или польским влиянием, где суффикс -ис мог указывать на шляхетское происхождение. Однако в таком случае фамилия скорее имела бы форму Ильевич или Ильинский. География бытования фамилии Ильякис — преимущественно южные регионы бывшей Российской империи (Крым, Одесса, Херсон) и современная Украина, что подтверждает версию о греко-караимских корнях.

Словообразовательная модель проста: имя Илья → разговорная форма Ильяк → фамильный суффикс -ис. Ударение, как правило, падает на последний слог: Ильяки́с. Встречается также вариант с ударением на первый слог, но он менее распространён. Социальный контекст: носители фамилии чаще всего принадлежали к городским сословиям — мещанам, купцам, ремесленникам, что типично для еврейских и греческих общин, где фамилии фиксировались в документах XIX века.