Фамилия Ильякова образована от мужского имени Ильяк — одной из разговорных, «домашних» форм крестильного имени Илья. Само имя Илья восходит к древнееврейскому имени Элияху, что означает «мой Бог — Бог истинный» или «Яхве — мой Бог». Такие усечённые или уменьшительные формы (Ильяк, Ильюк, Ильян) были широко распространены в русской деревне: так называли человека в быту, а затем это прозвище перешло к его детям и закрепилось как фамилия.

Суффикс -ак в основе Ильяк указывает на принадлежность к простонародной среде. В русской ономастике формант -ак (-як) часто давал прозвища и неофициальные имена людям из крестьянского или посадского сословия (сравните: Горяк, Добряк, Ширяк). Поэтому, скорее всего, основатель рода Ильяковых был человеком из простого сословия — крестьянином, ремесленником или служилым человеком «по прибору». Фамилия закрепилась в форме женского рода, так как первоначально могла принадлежать женщине (вдова, дочь) или была записана в документах через мать.

Географически фамилия Ильякова встречается в Поволжье и на Урале, что типично для фамилий, образованных от простонародных вариантов канонических имён. В отличие от «книжных» фамилий вроде Ильинский, форма Ильякова сохранила живой, разговорный оттенок. Таким образом, носительница этой фамилии может считать своим предком человека по имени Ильяк — потомка того, кого в миру звали Ильёй, но в быту — попросту Ильяком.