Фамилия Ильяковы интересна тем, что у неё есть две разные и равноправные версии происхождения, и каждая ведёт в свою сторону — в географию Средней Азии или в мир древнерусских имён.

Первая версия связывает фамилию с рекой Иляк. Это левый приток Кафирнигана, который, в свою очередь, впадает в Амударью. Русло Иляка илистое и топкое, поэтому название реки могли вывести от слова «ил». Если предок рода действительно жил на берегах этой реки или переселился оттуда, его могли прозвать Иляком — по месту прежнего жительства. Такая модель образования фамилий от названий рек и местностей встречается у славян, хотя и реже, чем от имён или профессий.

Вторая версия — более привычная для русской ономастики. Ильяк — это народная, уменьшительная форма крестильного имени Илья. Само имя Илья восходит к древнееврейскому Элияху, что значит «мой Бог — Бог истинный». Формы вроде Ильяк, Ильюк, Ильюша были распространены в бытовом общении, а уже от них пошла фамилия с патронимическим суффиксом -ов: Ильяков. Так могли назвать сына, внука или дальнего потомка человека по имени Ильяк.

Какая из версий верна для конкретной семьи — сказать сложно. Фамилия фиксируется в разных регионах, и её носители могли получить её независимо друг от друга по разным причинам. Но обе гипотезы показывают, что перед нами не случайное сочетание звуков, а след, оставленный либо географией, либо именем предка.