Фамилия Ильйинский — редкий вариант написания гораздо более распространённой фамилии Ильинский. Двойное «й» здесь не ошибка, а следствие старой орфографической нормы или диалектного произношения, где звук [j] между гласными сохранялся дольше. В основе фамилии лежит имя Илья, а точнее — церковное имя Илия. Фамилию образовали от названия церкви или села, освящённого в честь святого Ильи Пророка. Типичная модель для русских фамилий на -ский: священник, получивший приход при Ильинской церкви, или помещик, владевший селом Ильинское, становился Ильинским. Его потомки, даже если переезжали, сохраняли эту фамилию как указание на родовое гнездо.

Форма Ильйинский могла закрепиться в документах XIX века, когда писцы иногда передавали мягкость звука удвоением буквы. Также такое написание встречается у потомков духовенства — в семинарских списках фамилии нередко искажали или сознательно архаизировали, чтобы отличить один род от другого. Если ваш предок носил именно Ильйинский, это не «испорченная» фамилия, а её локальный или канцелярский вариант, который со временем стал самостоятельным.

Корень фамилии — Илья — одно из самых частых имён в древней Руси, пришедшее из древнееврейского через греческий. В народной среде имя обросло прозвищами и производными формами (Илюха, Ильюшка), но фамилия на -ский указывает на книжную, церковную традицию. Скорее всего, предки носителей фамилии Ильйинский были либо священнослужителями, либо выходцами из сёл с «говорящим» названием — Ильинское, Ильинка. Таких сёл в России сотни, поэтому географически фамилия не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных и северных губерниях, где храмы Ильи Пророка ставили особенно часто.

В отличие от фамилий Ильин и Ильюшин, которые образованы напрямую от имени без суффикса притяжательности, Ильйинский — более поздняя по происхождению фамилия, возникшая не раньше XVII века, когда дворянство и духовенство массово переходили на модель с -ский. Это не крестьянская фамилия: простые крестьяне до отмены крепостного права часто обходились без фамилий или носили патронимы на -ов. Так что Ильйинский — маркер социального статуса: предок был либо священником, либо служилым человеком, либо владельцем земли.