Фамилия Илютенко образована от имени Илюта — уменьшительной формы крестильного мужского имени Илья. Илья, в свою очередь, восходит к библейскому имени Eliyahu, которое переводится с древнееврейского как «мой Бог – Господь», то есть «мой Бог — Бог истинный». Такая модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе уменьшительного имени добавляют суффикс -енко, характерный для украинской ономастики. Фамилии с этим суффиксом массово закрепились на Левобережной и Степной Украине в XVI–XVII веках, а затем распространились на юг России, в том числе на Кубань и в Причерноморье.

Скорее всего, основатель рода Илютенко был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Такое предположение объясняется тем, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом. Их соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами. Илюта — именно такая обиходная форма, а значит, предок-носитель этого прозвища не принадлежал к элите.

Вероятнее всего, образование фамилии Илютенко началось приблизительно в XIV веке, что обусловлено историческими процессами. Однако стоит уточнить: суффикс -енко в значении «сын» или «потомок» активно формировал фамилии в украинских землях в XV–XVII веках. Поэтому более правдоподобно, что фамилия сложилась именно в этот период, а не раньше. Имя Илюта могло быть не только уменьшительным, но и самостоятельным народным вариантом канонического имени Илья — такие формы (Илюта, Илюха, Илюша) широко бытовали в быту среди простого населения.

Среди однокоренных фамилий — Илютин, Илюхин, Илюшин. Они образованы от тех же уменьшительных форм, но с разными суффиксами, что указывает на разные регионы и традиции имяобразования. Илютенко выделяется украинским суффиксом, который даёт чёткую географическую привязку к исторической территории Гетманщины, Слобожанщины или Запорожья.