Фамилия Илютко — редкий образец украинской модели фамилии, застывшей в форме субъективной оценки. В отличие от распространённых фамилий на -енко или -ук, суффикс -к- здесь не указывает на происхождение от отца, а передаёт прозвище в уменьшительно-ласкательной или ироничной форме.

Основа фамилии — имя Илья, в его народном, разговорном варианте Илют, Илюта. В украинской традиции имена часто усекали и добавляли суффикс -ют-, который придавал оттенок ласкательности, иногда с оттенком простонародности. Илютко — это не «сын Ильи», а скорее «маленький Илья», «Илюшка» или, возможно, прозвище человека, чем-то напоминавшего Илью, но не носившего этого имени. Получается, что фамилия Илютко — это перенесённое на потомков домашнее, внутрисемейное обращение к предку.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины, особенно к Черниговщине и Полтавщине, где были распространены фамилии на -ко. Встречается она и в Беларуси, что говорит о смешении восточнославянских ономастических традиций. В России фамилия редкая, её носители — скорее всего, потомки переселенцев с Украины или из Беларуси.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «илюта» — так в некоторых говорах называли нелюдимого, угрюмого человека. Тогда Илютко — прозвище по характеру, но эта гипотеза уступает основной, так как связь с именем Илья более прямая и типичная для фамилий такого типа.

Таким образом, предок носителей фамилии Илютко был, скорее всего, простым человеком, которого в семье или в деревне ласково звали Илютко — Илюшка. Фамилия сохранила эту тёплую, неофициальную интонацию, что отличает её от более формальных отчеств.