Фамилия Иманахунов — редкий пример сложения двух восточных именных основ, скрепленных русским патронимическим суффиксом. Вместо того чтобы образоваться от одного корня, она целиком построена на составном личном имени Иманахун. Это имя, в свою очередь, стыкует арабское «иман» (вера, верование, убежденность в Аллахе) и персидское «ахун» — слово, которым в тюркоязычной среде называли не просто учителя, а духовного наставника, «близкого человека», наставляющего на путь истины. Таким образом, имя Иманахун буквально значило «верный наставник» или «наставник веры» — характеристика не столько бытовая, сколько религиозно-уважительная.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Иманахунов — типичный пример того, как русский суффикс -ов присоединился к восточному антропониму, превратив личное имя в наследственное фамильное прозвание. По такой же схеме в XIX–XX веках оформлялись фамилии многих народов Средней Азии и Поволжья, контактировавших с русской административной системой. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын (или потомок) Иманахуна».

Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из среды, где исламская ученость и почитание духовных званий были частью повседневной культуры — вероятно, из числа узбеков, таджиков, уйгуров или народов Дагестана. Само имя Ахун (в форме «ахунд») в Средней Азии и на Кавказе закрепилось за лицами, получившими религиозное образование, а иногда и за выборными должностями в мусульманских общинах. Поэтому предок-основатель фамилии мог быть не просто носителем красивого имени, а реальным духовным лицом — муллой, учителем при медресе или старшиной общины.

Географически фамилия Иманахунов встречается преимущественно в регионах с тюркским и ираноязычным населением — в Узбекистане, Таджикистане, а также среди кавказских народов, испытавших влияние персидской и арабской культуры. В России она редка и фиксируется в основном в южных республиках и у выходцев из Средней Азии. Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде Иманахунова (женская форма) или Иманахун — последнее скорее осталось бы именем, а не фамилией, если бы не русский суффикс, закрепивший наследование.