Фамилия Иманахуновы образована от мужского тюркского имени Иманахун, которое составное. Первая часть — Иман, в переводе с арабского означает «вера, верование в Аллаха». Вторая часть восходит к персидскому имени Ахун — «наставляющий на путь истины», «учитель, наставник», «близкий человек». Таким образом, имя Иманахун можно понять как «верный наставник» или «учитель веры». Слово «ахун» в тюркской среде часто использовалось как уважительное обращение к духовному лицу или знатоку ислама, что указывает на возможную связь предка-родоначальника с религиозной средой.

Фамилия оформлена типичным русским патронимическим суффиксом -ов, который присоединяется к основе имени, отвечая на вопрос «чей?». Поэтому Иманахуновы буквально означают «потомки Иманахуна». Сведения о восточном происхождении фамилии подтверждаются её основой, и корни её уходят в XV–XVII века, когда в русских землях активно фиксировались носители тюркских и татарских имен, нередко служившие в московском дворянстве. Проникновению таких основ в русские фамилии способствовал исторический факт: многие дворяне в России были по происхождению нерусскими, выходцами из Золотой Орды, от печенегов или половцев. В отличие от многих «княжеских» фамилий на -ов, оканчивающихся на -ин, фамилия Иманахунов сохранила полную, нестяженную форму имени, что говорит о её относительно поздней и «народной» фиксации в документах, когда имя ещё бытовало в живой речи.