Фамилия Исахин — одна из тех, где ясно видна словообразовательная модель, но неочевидно исходное имя. Она построена по типичному для русских фамилий патронимическому суффиксу -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Исахина. Основа здесь — Исаха, но это не каноническое имя, а скорее народная, обиходная форма. Ключевой вопрос: от какого полного имени она образована?

Чаще всего Исаха — это уменьшительная или разговорная версия от имени Исаак (библейское имя, означающее «смех» или «он будет смеяться»). В русской народной среде имя Исаак нередко сокращали до Исаха, Исаша, Исаня. По этой же модели возникли фамилии Исаков, Исаев, Исанин. Исахин отличается суффиксом -х-, который в древнерусских именах придавал оттенок ласкательности или просторечности (сравните: Степан — Степаха, Михаил — Михаха). Таким образом, Исахин — это буквально «сын Исахи», то есть потомок человека, которого в быту звали Исаха.

Есть, однако, и альтернативная версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. В южнорусских и украинских говорах слово «исаха» могло быть прозвищем, образованным от глагола «исахать» — в некоторых диалектах это означало «иссыхать, становиться сухим». Прозвище могли дать худощавому, сухопарому человеку. Но эта гипотеза слабее: фамилии на -ин в подавляющем большинстве случаев происходят от личных имён, а не от глагольных прозвищ. К тому же прозвище Исаха в значении «сухой» не зафиксировано в авторитетных ономастических словарях (например, у Веселовского или Никонова), тогда как имя Исаха как форма от Исаака встречается в переписных книгах XVII века.

Географически фамилия Исахин тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодской, Костромской, Ярославской. В этих регионах суффикс -ин особенно характерен для патронимов, а имя Исаак было распространено среди крестьян и мещан. В дворянской среде эта фамилия не встречалась: она однозначно крестьянская или посадская, образованная в среде, где полное имя часто заменяли домашним прозвищем. Сегодня Исахины — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, потомки тех самых Исах из северных деревень.