Фамилия Иссен — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский, а её основа не имеет славянских корней. С высокой вероятностью это фамилия немецкого или скандинавского происхождения, попавшая в Россию вместе с переселенцами.

Разбираем корень. Если отбросить типичное для немецких фамилий окончание -ен (которое часто указывает на принадлежность к месту или профессии), остаётся основа «Исс». В немецкой ономастике такое имя или прозвище могло восходить к слову «Eisen» (железо) в диалектном произношении, либо к имени собственному. Например, фамилия Issen известна в Германии и Нидерландах, и её носители были выходцами из местности с похожим названием. Есть и другая версия: в скандинавских языках «Is» означает «лёд», а суффикс -sen — «сын» (как в фамилиях Андерсен, Йенсен). Тогда Иссен — «сын Иса» (Иса — сокращённое от Исаак или Исраэль). Но для русского бытования эта модель менее типична, чем немецкая.

В России фамилия Иссен — это почти всегда следствие миграции. В XVIII–XIX веках в Поволжье, Причерноморье и на Кавказ приезжали немецкие колонисты: ремесленники, фермеры, аптекари. Среди них были и носители фамилии Issen. Русская бюрократия закрепила написание без удвоения согласных и без умлаутов, так и появился вариант «Иссен». Встречается она и среди обрусевших немцев, и в семьях, где прадед был выписным мастером с западных земель.

Словообразовательная модель здесь простая: фамилия не прошла через русский суффикс (нет -ов, -ев), а осталась в исходной, «голой» форме. Это сразу указывает на позднее появление или на то, что носитель не был крестьянином в центральной России — иначе фамилию бы русифицировали. Сословно это могли быть мещане, цеховые мастера, реже — дворяне (остзейские немцы).

Спорный момент: иногда фамилию Иссен пытаются связать с тюркскими корнями, например, с казахским «ис» (след, запах) или «есік» (дверь). Но тюркские фамилии с таким окончанием почти не встречаются, а для русского уха сочетание «Иссен» звучит как заимствование, а не как адаптация местного слова. Поэтому немецкая версия остаётся основной и наиболее обоснованной.