Фамилия Иваниниченко — редкий случай, когда в одном слове уживаются сразу два патронимических суффикса. Она образована от имени Иван, но путь от имени до фамилии оказался длиннее обычного.

В основе лежит форма «Иванинич» — отчество, построенное по модели «имя + -инич». Такие отчества в старину давали детям уважаемых людей, но чаще они бытовали в крестьянской среде на северо-западе России. Суффикс -енко, который добавился к этому отчеству, — классический украинский или южнорусский показатель фамилии, означающий «потомок» или «маленький». Таким образом, Иваниниченко буквально означает «потомок Иванинича», то есть внук или сын человека, которого звали по отцу Иваниничем.

Такая двойная патронимическая конструкция — не ошибка, а живой языковой процесс. Сначала отчество «Иванинич» закрепилось за человеком как семейное прозвище, а затем, при переходе к фамилиям на -енко, к нему добавили ещё один суффикс родства. Это говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где фамильные модели накладывались друг на друга, а не заменяли одна другую.

Географически Иваниниченко — фамилия с выраженным украинским следом, скорее всего с левобережья Днепра или Слобожанщины. В России она встречается редко и обычно указывает на миграцию предков с Украины в XIX–XX веках. Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или казаками — в дворянской среде такие громоздкие модели не приживались.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Иванишин, Иванищев, Иваничкин — показывает, что Иваниниченко стоит особняком: у неё самый сложный суффиксальный ряд. Если Иванишин — прямой потомок Иваниши, а Иваничкин — потомок Иванички, то Иваниниченко фиксирует сразу два поколения предков, что для русской фамильной системы редкость.