Фамилия Ивунин — один из примеров того, как церковное имя Иоанн обрастало в народе десятками бытовых форм. Каноническое имя Иоанн (древнееврейское Йоханаан, «милость Божья») было на Руси чрезвычайно популярно, поэтому от него возникло огромное количество уменьшительных и просторечных вариантов: Иван, Ивко, Ивуня, Ивша и другие. Именно форма Ивуня и стала основой для фамилии Ивунин.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русского Северо-Запада и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ивунин буквально означает «сын Ивуни» или «человек из рода Ивуни». Такая модель (основа на -а/-я плюс -ин) характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный: Ивуня → Ивунин, как Кузьма → Кузьмин или Фома → Фомин.

Если заглянуть в исторические документы, то имя Ивуня встречается в писцовых книгах и переписных листах XVI–XVII веков. Например, в новгородских и псковских землях фиксируются крестьяне и посадские люди с таким именем. Это позволяет предположить, что фамилия Ивунин имеет севернорусские или северо-западные корни, хотя со временем распространилась шире.

Интересно, что от той же основы «Ив-» образованы и другие фамилии — Ивкин, Ившин, Ивонин. Но Ивунин стоит особняком: суффикс -ун- в имени Ивуня придавал ему ласкательно-шутливый оттенок (как, например, в именах Митюня, Валюня). То есть предок носителя фамилии был, скорее всего, младшим или любимым в семье, кого называли уменьшительно-ласкательно.

Таким образом, потомок человека по имени Ивуня со временем получил фамилию Ивунин. Сословных ограничений у неё не было: среди Ивуниных встречались и крестьяне, и мещане, и духовенство. География фамилии сегодня охватывает в основном европейскую часть России, с заметным числом носителей в Нижегородской, Кировской и Вологодской областях.