Фамилия Измагилов образована от личного имени Измагил — одной из народных форм имени Исмаил (или Измаил). В основе лежит арабский корень, означающий «Аллах все слышит», а в древнееврейской традиции то же имя Измаил переводят как «услышит Бог». Имя это распространено у многих народов, исповедующих ислам, но встречалось и у православных, что объясняется его библейскими корнями.

Имя Измагил — результат фонетической адаптации: в тюркских языках звук «с» в начале слова мог переходить в «з», а конечное «л» иногда заменялось на «г» под влиянием местных говоров. Именно такая форма и закрепилась в основе фамилии. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Измагилов — «сын Измагила», «потомок Измагила».

Формирование фамилии происходило в XV–XVII веках, когда на Руси активно складывались родовые именования. Выходцы из тюркской среды — от половцев, печенегов или служилых татар Золотой Орды — нередко получали фамилии по отцу, сохраняя память о своём происхождении. Поэтому Измагиловы относятся к древнему пласту восточных по корням фамилий, которые уже несколько столетий бытуют в русской ономастике.

Точное место и время возникновения конкретной ветви рода можно установить только через углублённые генеалогические разыскания — по писцовым книгам, ревизским сказкам и метрическим записям.