Фамилия Какнаева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс. Форма Какнаева — женская, мужской вариант — Какнаев. Фамилия образована по самой распространённой русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. Значит, основа — Какнай.

Самая вероятная версия: основа восходит к тюркскому или кавказскому имени или прозвищу. В тюркских языках «как» может означать «твёрдый», «крепкий», а «най» — «свадьба», «пир». Но это составное слово, скорее всего, личное имя Какнай (или Гакнай), которое бытовало у народов Северного Кавказа, например, у кумыков или ногайцев. В этом регионе такие фамилии на -ев обычны. Мужчина по имени Какнай (возможно, от слов со значением «смотрящий» или «почтенный») мог стать родоначальником, а его потомки получили фамилию Какнаевы.

Вторая, менее вероятная версия, — что фамилия искусственная, семинарская. В духовных училищах иногда давали фамилии от редких библейских или греческих слов, но созвучия с известными корнями нет, поэтому эта гипотеза слабая.

Географически фамилия Какнаева встречается в Дагестане, Чечне и среди тюркоязычных народов Ставрополья. Это подтверждает первую версию: предки, вероятно, были горцами или степняками, принявшими фамилию по отцу. О сословной принадлежности сказать нечего — фамилия не указывает на дворянство, её носители могли быть и крестьянами, и узденями (свободными общинниками).

Таким образом, Какнаева — фамилия с тюрко-кавказскими корнями, образованная от личного имени Какнай. Её редкость и локальное бытование делают её интересным объектом для локальной генеалогии.