Фамилия Какина — женская форма, а её мужской вариант — Какин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Кака. Звучит оно необычно, но в русской ономастике это не редкость: на протяжении веков в ходу были имена и прозвища, образованные от звукоподражаний или детской речи. Слово «кака» в древнерусских говорах могло означать «нечистота», «грязь», а в некоторых диалектах — «кал». Прозвище Кака давали либо неопрятному человеку, либо, напротив, в качестве охранительного имени — чтобы злые силы не позарились на ребёнка с таким «некрасивым» именем. Подобная практика была широко распространена: чем хуже имя, тем меньше шансов, что дитя сглазят.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных регионов России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Какин — сын Каки, то есть «чей?» — Какин. Если бы фамилия возникла в южнорусских или украинских землях, она, скорее всего, получила бы суффикс -енко или -ук. Географически фамилия Какин встречается в основном в Поволжье и на Урале, хотя отдельные носители есть и в других областях. Встречается и вариант Какина — он мог закрепиться в документах как исходная форма, если фамилия была записана за женщиной (например, вдовой).

Существует и другая, менее вероятная версия: фамилия могла образоваться от тюркского имени Кака (в значении «старший брат», «уважаемый»), которое попало в русскую среду через татар или башкир. Но для такой гипотезы нет убедительных доказательств — прозвищная русская основа проще и логичнее объясняет появление фамилии.

В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия Какин встречается у крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня это редкая фамилия, и её носители могут проследить свои корни до нескольких семей, живших в XVI–XVII веках на территории современных Кировской, Нижегородской или Пермской областей.