Фамилия Какова — редкий пример, где окончание -а принадлежит не женскому роду, а самой фамильной основе. В русской ономастике это так называемая «окающая» фамилия с суффиксом -ов, который в северных и некоторых центральных говорах произносился и писался как -ова. Однако в отличие от стандартных фамилий на -ов (Иванов, Петров), здесь ударение падает на последний слог — Какова́, а не на первый. Это не склоняемая форма женского варианта, а мужская фамилия, застывшая в именительном падеже единственного числа.

Словообразовательная модель проста: основа «как» (от вопросительного местоимения «какой») плюс суффикс -ов. Но что могло значить прозвище Как? Вероятнее всего, оно возникло в среде, где человека дразнили за манеру речи: «как» в значении «каким образом» или «почему» — например, любителя вставлять в разговор слово «как» или задавать много вопросов. В северных говорах «какой» иногда стягивалось в «как», отсюда и прозвище. Менее вероятна связь с тюркским «как» (твёрдый, сухой) — в русской среде такие заимствования редки для фамилий.

Географически фамилия тяготеет к Вологодчине и Архангельской области — регионам, где сохранялось оканье и где фамилии на -ова (с ударным окончанием) встречаются чаще, чем в центральной России. В списках крестьянских фамилий XIX века Какова встречается единично, что указывает на локальное происхождение, возможно, от одного прозвища в конкретной деревне.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Каков, Каковкин, Каковский — показывает, что Какова стоит особняком: у неё нет уменьшительного суффикса или отчества, она образована напрямую от прозвища. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, получил прозвище не по имени отца, а по личной особенности — говорливости или любопытству. Других версий, достойных упоминания, ономастика не даёт: попытки связать фамилию с «какать» или «какао» — это народная этимология без лингвистических оснований.