Фамилия Калачникова — женская форма фамилии Калачников, а та, в свою очередь, происходит от прозвища или ремесла отца. Основа здесь очевидна: «калачник» — человек, пёкший или торговавший калачами. В старину калачником называли не просто пекаря, а мастера, делавшего именно калачи — белый хлеб в форме замка с дужкой, особо ценившийся на Руси. Прозвище могло закрепиться за тем, кто держал калачную лавку или славился своим ремеслом.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Калачник» добавили суффикс принадлежности «-ов», означающий «чей?» — то есть сын Калачника. Затем появилась женская форма на «-а». Такой тип фамилий — один из самых массовых в русском ономастиконе, но именно «Калачниковы» встречаются реже, чем, скажем, «Кузнецовы» или «Пекаревы». Возможно, потому что само слово «калачник» было не столь распространённым, как «кузнец», а обозначало более узкую специализацию городского ремесленника.

Интересная деталь: в некоторых говорах «калачником» могли называть не только пекаря, но и хитрого, изворотливого человека, умевшего «свернуться калачиком» в сложной ситуации. Поэтому не исключено, что в отдельных случаях прозвище отражало не профессию, а характер предка. Однако версия с ремеслом всё же главная и самая вероятная — она подтверждается устойчивой связью фамилии с хлебным промыслом в центральных и южных губерниях России, где калачи были повседневной едой.

С точки зрения словообразования, суффикс «-ников» в этой фамилии — редкий случай, когда основа оканчивается на «ник», и прибавление «-ов» не меняет звучания. Это отличает её от более простых форм вроде «Калачёв», где в основе лежит уже не человек, а сам хлеб («калач»). Калачниковы — потомки конкретного мастера, а не просто те, кто имел отношение к калачам.