Фамилия Калибеев — один из тех случаев, где тюркское происхождение почти не вызывает сомнений, а вот точное значение основы может варьироваться. В основе лежит имя или прозвище Калибей. Первая часть, «Кали», — это диалектная или фонетическая форма арабского имени Халил (в значении «верный друг», «близкий»), либо же восходит к тюркскому «калы» — «оставаться», «оставшийся». Вторая часть — «бей» (господин, князь, предводитель). Таким образом, Калибей можно перевести и как «оставшийся господином» (возможно, прозвище единственного выжившего сына), и как «верный господин», и как «Халил-бей».

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для тюркских основ. В данном случае он присоединён к основе «Калибей», а не к «Калибе», что важно: это говорит о том, что фамилию давали по отцу, которого звали Калибей. То есть Калибеев — это «сын Калибея».

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские общины. Наибольшая вероятность встретить Калибеевых в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на юге Урала и в Оренбуржье. Встречается она и среди казанских татар, и среди башкир, и в среде русских, принявших фамилию от тюркского предка.

Редкость фамилии в том, что она не перешла напрямую в русский язык из арабского через ислам, а сохранила именно тюркскую огласовку «Кали» вместо «Халил». Это указывает на то, что носитель имени жил в среде, где арабские заимствования уже прошли через тюркскую фонетику. Версия, что «Кали» — это просторечное «каля» (болтун) или калмыцкое «кал» (нога), маловероятна и не подтверждается словообразовательной моделью.